Полимеразная цепная реакция

Полимеразная Цепная Реакция (ПЦР) является наиболее чувствительным, точным и быстрым методом молекулярной диагностики фитопатогенов, который основан на многократном циклическом удвоении строго специфического участка ДНК, ограниченного короткими фрагментами ДНК – праймерами. В результате такой реакции, катализируемой ферментом ДНК-полимеразой, участки исследуемой ДНК накапливаются в количестве, достаточном для визуальной детекции.

В случае классической ПЦР, конечные продукты реакции разделяют в агарозном геле, где фрагменты движутся со скоростью обратно пропорциональной своей массе. Визуализация фрагментов осуществляется с помощью флуоресцирующих красителей, специфически связывающихся с ДНК. Примерная масса ПЦР-продукта определяется по маркеру с известной массой. Такой тип ПЦР является в большей степени качественной.

PCR_2.jpg

ПЦР в реальном времени (количественная ПЦР) позволяет осуществлять количественную оценку исследуемой ДНК в биологическом материале, поскольку измерение накопления амплифицируемого фрагмента происходит в каждом цикле реакции. Детекция основана на измерении флуоресценции добавленных в реакционную смесь красителей или зондов, специфически связывающихся с ДНК. В последнем случае, использование различных флуоресцирующих маркеров позволяет одновременную детекцию нескольких фитопатогенов в одной реакции.

Полимеразная Цепная Реакция

Детекция инфекционных заболеваний картофеля, ПЦР-диагностика

Испытательная лаборатория Исследовательского центра «ФитоИнженерия» проводит ПЦР диагностику заболеваний картофеля, таких как чёрная ножка, кольцевая и бурая гниль клубней. Анализ выполняется на современном оборудовании – Амплификатор Real-Time CFX96 Touch. ПЦР проводится в режиме реального времени с использованием ДНК-зондов, содержащих флуоресцентные репортеры FAM, ROX, HEX и другие.

ПЦР диагностика выявляет даже самые незначительное уровни бактериальной инфекции в растительных образцах, что позволяет оценить качество семенного материала картофеля, качество посадочного материала картофеля, а также определить причины возникновения проблем при хранении картофеля, например, возбудителей гниения картофеля при хранении.

Другое направление ПЦР диагностики – это анализ почвы, в которой выращивается картофель, и воды, используемой для орошения полей или мытья клубней, на наличие в них патогенов, вызывающих бактериозы картофеля.